上海中小企业国际合作协会秘书处是协会主要办事执行机构，下设十二个分支机构，分别承担着政府部门协调、财税、传媒及危机公关、一带一路研究、金融、医疗、安保、长三角产业融合研究、法律服务、会员福利、政策研究、会员组织等功能。

      现任秘书长：钱芝网

      现任副秘书长：季亚平